Los Premios Fundación BBVA Fronteras del Conocimiento y la Cultura se fallan en dos pasos. En primer lugar, por comisiones técnicas de evaluación y, posteriormente, por jurados de expertos/as de perfil internacional en las respectivas áreas, que operan con total independencia y utilizando exclusivamente los indicadores y métrica de excelencia propios de cada área. La responsabilidad de la composición de las comisiones técnicas de evaluación recae de forma conjunta en la Fundación BBVA y la principal institución pública de investigación en España, el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), que propone además al/a la presidente/a de cada jurado. La Fundación BBVA consulta también con el CSIC la composición de los restantes miembros de los jurados.