‘In-silico prediction of gene function’

Alfonso Valencia Herrera, David Alejandro Juan Sopeña, Fedrico Abascal Sebastían de Erice, José María Fernández, Manuel José Gómez, Osvaldo Graña Castro, Ramón Alonso-Allende Erhardt.

Aquí proponemos varias opciones para mejorar los métodos actuales, incluyendo un tratamiento (mejor) de los resultados de búsquedas de secuencias en el contexto de las familias de proteínas correspondientes. La perspectiva de este enfoque es que la información extraída de las interacciones de las proteínas es una vía completamente independiente para predecir sus funciones. El presente proyecto aborda los desarrollos técnicos clave necesarios para cumplir con esta expectativa. Más allá de la predicción de la función, prevemos combinar distintas metodologías existentes para ofrecer pistas sobre posibles centros activos de las proteínas (sitios de unión de otras proteínas y cofactores). Dicha información, aportada mediante métodos que éste y otros grupos de investigación han desarrollado, será especialmente útil como guía para el diseño de estrategias experimentales que evalúen la función de las proteínas. El objetivo general de esta propuesta es combinar la información proporcionada por cinco niveles diferentes de predicción de funciones (basada en secuencias, basada en familias, predicción por combinación de características de secuencias, predicción basada en interacciones de proteínas y predicción de los sitios de unión) en un esquema de predicción único. A nivel técnico, los métodos y sus aplicaciones a genomas se incorporarán a un proyecto de base de datos y a una plataforma web accesible al público.