‘Fast protein fold determination using structure prediction algorithms incorporating easily accessible NMR data’

Angel Ramírez Ortiz, Carlos González Ibañez, Jesús Villajos Barja, Jorge Santoro Said, Manuel Rico Sarompas, Mª Angeles Jiménez, Pablo Sanz Mercado.

El objetivo de este proyecto es desarrollar métodos rápidos y automáticos para determinar las estructuras de baja resolución de las proteínas que sean idóneos para aplicaciones de genómica estructural a gran escala. En el campo de la bioinformática, este fin se abordará a través de la siguiente secuencia de etapas: (1) creación de una librería de bloques de construcción rígidos de proteínas y de dominios mediante algoritmos de clasificación automática de estructuras; (2) reconocimiento de componentes mediante métodos de enhebrado (threading) que incorporen desplazamientos químicos o acoplamientos dipolares residuales, es decir, el desarrollo de un método de ajuste de secuencias a estructuras de dominios conocidos capaz de detectar la conformación tridimensional más probable entre un conjunto de datos (experimentales) de desplazamientos químicos o acoplamientos dipolares residuales de la base de datos de componentes; (3) derivación de las restricciones tridimensionales de los emparejamientos para su utilización en algoritmos de plegamiento de proteínas que permitan determinar una estructura de plegamiento de baja resolución; (4) reconstrucción de todos los átomos, refinamiento mediante dinámica molecular e integración con herramientas automáticas de asignación de NOE para el refinamiento estructural automático. En el ámbito de la RMN, se explorarán y se probarán los medios anisotrópicos actuales y nuevos utilizados para alinear parcialmente las moléculas de proteínas dentro del campo magnético y así determinar los acoplamientos dipolares residuales junto con la aplicación de métodos automáticos de análisis de los datos de RMN.