INVESTIGADOR PRINCIPAL
EQUIPO DE INVESTIGACIÓN
Alberto Domingo Pascual Montano, Javier Angel Velázquez Muriel, José Jesús Fernández Rodríguez, José María Carazo García, José Román Bilbao Castro, Mª Carmen San Martín Pastrana, Mónica Chagoyen Quiles, Roberto Marabini Ruiz, Sjors Scheres.
ENTIDAD ASOCIADA
DESCRIPCIÓN
La microscopía electrónica (ME) ha permitido resolver numerosas estructuras de proteínas. A diferencia de la cristalografía de rayos X y de la resonancia magnética nuclear (RMN), la ME permite abordar un amplio intervalo de tamaños de muestras (desde proteínas aisladas hasta orgánulos completos) y no requiere la cristalización de la muestra. Una de las principales razones limitantes de la resolución en estudios tridimensionales de ME es la heterogeneidad estructural de la muestra.
En consecuencia, el primer objetivo de este proyecto es desarrollar estudios computacionales que aborden la heterogeneidad de las muestras mediante el procesamiento de imágenes en 3D. En concreto, nuestros objetivos son (i) detectar y localizar la heterogeneidad estructural, (ii) modelar la libertad conformacional y (iii) producir un juego de reconstrucciones 3D que muestre (o recoja) las diferentes conformaciones. Las resoluciones de 10-20 Å no bastan para ofrecer una visualización directa de la estructura secundaria, pero contienen abundante información que no puede interpretarse directamente. Como segundo objetivo de este proyecto, proponemos el desarrollo de una metodología que, en ausencia de fragmentos conocidos, permita detectar y ubicar los pliegues obtenidos a partir de una base de datos de pliegues genérica, como CATH, en las reconstrucciones de 3D proporcionadas por la ME.Los estudios biológicos se han convertido en un reto mayor y más complejo desde el punto de vista computacional, y la velocidad es esencial. No obstante, la gestión de la ingente cantidad de datos implicados en la reconstrucción 3D no es asunto baladí. Como tercer objetivo, este proyecto aborda la tarea de paralelizar las rutinas más caras utilizando tecnologías grid.Las herramientas desarrolladas en este proyecto se aplicarán al estudio del antígeno T mayor (ag-T) del virus del simio 40 en su unión con el origen de replicación viral SV40 ori. Los resultados obtenidos permitirán comprender mejor el inicio de la replicación del ADN y las herramientas desarrolladas tendrán aplicación en otros sistemas biológicos importantes.